西暦二〇七四年。 「第三次世界大戦」と呼ばれた戦火は、火花と呼称される核弾頭分弾ミサイルにより灯された。 アメリカ合衆国大統領ニスク・ケルレインの演説と暗殺。 それにより人々は怒りと憎悪、内に秘めていた感情に身を任せて戦争を始めた。 世界中が核の熱、血肉と瓦礫、憎しみと悲しみに苦しみながらも戦い続けていた。 それを断ち切るように、核とは異なる熱が戦場を包みこんだ。 後に「大戦の魔女」と呼ばれた。 それは自身を中心に大きな爆発を幾度と起こして、戦争を強制的に終わらせた。 それから十三年後。世界は完全にではないが確かな落ち着きを取り戻していた。 大戦により失うことになった人や物は数あれど、世界中で誓った和平を保ち続けていた。 　 フレイ・アイジスは元アメリカ合衆国、現『アメリカ・ローゼングランド』の都市の一つであるハイツ・ウルキーラで治安修復局に修復官として勤務している。 今年で二十三歳となる彼も、子供の頃に大戦で家族を失った青年である。 ある日、駅周辺にて爆破テロが発生した。 大勢の人質を乗せたまま加速していく列車、バイクによる追走。 下水道を辿った先の謎の基地での対峙。 そこで発見される機体シリーズDER《デア》。爆破テロ犯と共謀者を捕らえる為、DERに搭乗したフレイは都市庁舎の爆破を食い止め、爆破テロ犯のクルスと共謀者のクローバーを捕縛する。 次の日から二人の尋問が始まるが、フレイは別の仕事を行なっていた。 それは新人研修の引率。花咲兎芽という新人の女性を連れながら修復官の仕事などを説明をしていた。 新人研修が終わりに近づいた瞬間、ハイツ・ウルキーラ中に緊急警報が発令された。 内容は所属不明の同型機体が三機襲撃してきたというものだった。