人口増加によって崩壊寸前となった西暦2126年の地球。 世界中で戦争が激化する中、15歳の少年リクト・桐ヶ谷は、人類を支えるために作られた機械人形《オートノヴァ》・ノクティスアルバと出会う。 しかし、地球で起きる争いの裏には、銀河規模の侵略組織《暗黒銀河帝団》の存在が隠されていた――。