近未来日本。 寄生生命体「マジック」に侵された少女たちは、人間性を失い、人を喰らう怪物、通称“魔法少女”へと変貌する。 政府は対策機関「特殊生体災害対策局」を設立。 その実働部隊は、人々から“魔女狩り”と呼ばれていた。 黒いローブ。 空を駆ける箒。 だが、彼女たちもまた、人間ではいられなくなっていく。 これは、“魔法少女”が災害となった世界で、怪物を狩る少女たちの記録である。