海底都市「深織」。空のない世界で人々は人工の光と音で季節を作り、日々を繋いでいる。保守技師の葵は、父の遺したノートを頼りに老朽化する都市の細部を直しながら孤独を抱える。ある朝、季節室の位相が乱れ、子どもたちの居場所が危機に陥る。原因を探るうちに葵は「外の世界」からの侵略を疑い始める。一体この世界で何が起きているのか？葵は孤児のミロや潜航士カイ、地上を知る志津と交わりながら、壊れかけた機構と人々の関係を一つずつ修復していく。