「やりたかないねー、ホンマによー」十二月の神戸。安倍晴明（名前を襲名した三代目）は、気怠い日常をハックしようと怠惰のドメインにログインしていた。だが、世界のバグ（事件）は彼を放っておかない。最強の抑止力だった酒呑童子（酒井瞬）が消えたことで、世界のソースコードは狂い始めていた。事の始まりは、キャバ嬢・雅からの「姫路城で肝試しをした友人四人が消えた」という捜索依頼。時を同じくして、姫路の神域に不審なアクセスログを検知した生徒会総務の源博雅、芦屋道満、そして晴明のクソ親父・泰臣らは、強制遠征チームを結成して姫路へと急行（アクセス）する。しかし、ホテルの隣室で一人目の、そして城の非公開エリアの地下通路で二人目の男性の凄惨な「自殺偽装の遺体」を発見。伝説の幽霊・お菊さんから提示された進行度コード『9-9-9-1』――それは、九字封解、九曜展開、九終抽出、そして残り一人の魂が消去された瞬間にすべてが確定する【一縷終焉（いちるしゅうえん）】という最悪のハッキング演算式だった。残された雅の親友ら二人の女性のログを守るため、晴明たちは深夜の姫路城地下の『地脈の祭壇』へ強行侵入。博雅が黄金の氣で編んだ弓矢で防衛壁を引き受け、晴明が六合・天空・騰蛇の十二天将フルコンボで自爆装置と化した祭壇を分子レベルで一括消去（タスクキル）し、間一髪で同時救出に成功する。だが、事件は終わらない。姫路の警察を束ねる博雅の神経質な叔父・源智規（みなもととものり）が、事件を不自然なスピードで「自殺」としてクローズ（隠蔽）しようと動く。そこにログインしてきたのは、神戸の裏社会を統治する菱王組の瀬戸組長。直系の武上組が掴んだ警察の内部ログによれば、智規は警察の戦力を私物化し、姫路中のガチな心霊スポット全域に配置していた。その目的は、現当主・博臣を失脚させる『源家の破滅と下剋上』……。相坂トンネル前での決戦。智規の背後には、前作のヴァンパイア事件の黒幕「葛城」の残党である術士集団『コレクター』、そして九州最大の武闘派『睦会（むつみかい）』が、日本の表と裏を転覆させる国家規模の凶悪プログラムで繋がっていた。智規の真の狙いは姫路を囮にし、最高戦力が集結して手薄になった本拠地・神戸をデリートすることだった。