ある日、謎の装置〈ガイダー〉を装着した少年・聖夜は、 データロイドの少女ユリと出会う。 彼女はかつて人間であり、その身体は謎の組織〈ORT〉に奪われていた。 さらに聖夜自身も、“ミディアニアン”という特異な血を引く存在だと判明。 仲間の丸子と共に、ユリの身体を取り戻すため研究施設へ潜入するが―― そこに待っていたのは、常識を超えた敵と、世界の裏に隠された真実だった。