日本のドーム型都市を管理する世界最高峰の人工知能プライムが、新人類の存在をシュミレートした通称「NOVAレポート」がリークされてから二年後。 アメリカ合衆国西部に広がる砂漠地帯の一角にある北米連邦軍の有人機試験基地から、海軍の最新鋭偵察機が飛び立つ。 ハッキングされた世界最高速の装甲無人攻撃機を迎え撃つ若き天才パイロット。しかし彼女には心に秘めた目的があった。