時は現代。主人公、江口謙（えぐち　けん）はごく普通の高校生。無口な親友、上田滋（うえだ　しげる）と平凡な日常を送っていた。 　ある晩、謙は不思議な夢を見た。夢の中で自分は兼成（かねなり）と名乗り、孝姫（たかひめ）と言う美しい娘に好意を寄せていたのだ。しかし孝姫は何者かに殺害されてしまった。 　これはただの夢なのか、それとも自分の前世なのか。 　数日間同じ夢を見ていた時、クラスに転校生がやって来た。彼女を見た謙は驚愕する。彼女は夢の中で見た孝姫に瓜二つだった。その美少女の名前は井原椿（いはらつばき）。井原椿が現れた事で、謙は以前にも増して毎晩夢を見るようになる。そして、親友の上田滋も同じような夢を見ていると知らされる。 　ある晩、夢の中で『歴史は繰り返される。今度こそ孝姫様をお守りしろ』と声が聞こえた。姫に瓜二つの井原椿が何者かに殺されると思った謙と滋は、殺人を未然に防ごうと犯人を捜す。 　数百年前、彼女を殺したのは誰か？　そして現在、彼女を殺そうとしているのは誰か？ 『誰が彼女を殺したのか』のタイトル通り、ラストで解き明かされる真実とは。