三上悠真は、クラスメイトに殴られ、流れた自分の血を見た瞬間、数秒だけ過去へ遡る能力に目覚める。だがその発現以前から、世界には微細な綻びが生じていた。乾いた血痕、繰り返される既視感、食い違う現実。能力を自覚した悠真は、地震被害を検証し、事故の要因を潰し、合理的に分岐を修正していく。血を流すたび選択肢は増えるが、同時に何かを切り捨てる決断も迫られる。それでも最小損失の解を選び続ける悠真の前で、幼なじみ・御影葵だけは必ず別の形で死に至る。未来は変わっても、彼女の結末だけが変わらない。葵は壊れかけた家庭を抱えながらも、自分の痛みを後回しにして笑い、周囲を気遣い続ける優しい少女だった。 　やがて悠真は、少し先の未来を視る妹・悠花の力と、兄妹の血そのものが国家規模の研究対象であった事実を知る。公安で研究を統括する東條は、兄妹の能力を利用して時を操る技術を完成させ、自らの過去をやり直そうとしていた。悠真の過去改変の痕跡により、兄妹は公安に察知され、監視と追跡の対象となる。追い詰められた末、悠花は兄を次の分岐へ送り出すため自ら血を流し、兄妹は救済のたび未来を削る代償を背負う。再び始まった世界で悠真は、神谷、月ノ瀬ら仲間と協力しながら真相へ迫るが、やり直すたび世界のズレは広がり、葵だけでなく仲間たちまで破滅へ引き寄せられていく。 　合理で全てを救おうとした悠真は、その限界の中で一度は心を折られる。だが逃げた先の事故で、目の前の命を救うのは逃げ場ではなく答えだと知り、再び前を向く。そんな彼に最後に突きつけられるのは、自分自身が葵の死へ繋がるトリガーの一つであり、残された血清を自身に投与するしかないという事実だった。葵を救えば、自分はこの時層から消える。それでも悠真は、壊れかけた世界と託された想いを背負い、誰一人欠けさせない結末のため、東條の計画と世界の前提そのものを書き換える選択をする。