東京湾に突然落ちてきた『ミストルティン魔術学園』。朝木野晃路がここを訪れたのは、留学していたドＳで超お兄ちゃんラブな妹・まつると連絡がとれなくなったためだ。だが、学園内で待ちうけていたのは、強力な魔術器（マギスト）や幻獣を操る生徒たちと、時折落ちてきては学園に追加される、様々な仕掛けや謎を秘めた建築群だった。勝手がわからず魔術探偵の少女・花菱に協力を求めた晃路だったが、彼女は極度の人見知りで――！？