神社の厳格なしきたりに縛られ、感情を押し殺して生きていた巫女の藤實凛は、ある日突然、人類が去りAIとヒトモドキだけが暮らす遥か未来の地球へ飛ばされる 。そこで凛は、誤った歴史を正そうとするAIの少女・ミコトと出会い――