時は西暦2085年。老境の女科学者・冴島真里は目の前に迫る自身の寿命を利用し、人工転生実験を行った。実験は成功を修め、彼女は剣と魔法の異世界へ公爵家の令嬢マルガレーテとして転生する。14歳の時に完全に真里としての記憶を取り戻した彼女は、まもなく王国での成人の儀式であるデビュタントを迎えようとしていた。そして迎えた15歳の夏――デビュタントの最中に彼女の頭の中で目覚める声があった。前世からの相棒・バイオナノマシンインプラント『スマートブレイン：レクシス』の声であった。