『玻璃ノ宮（はりのみや）女子寄宿学校』。 外界と隔絶されたそこは、選ばれた令嬢たちが「大人という名の鳥」へと羽ばたくその日まで、純潔を育むための巨大な鳥籠。 厳格な家柄と、伸び悩むピアノの旋律に心を折られた九条日和（くじょう ひより）は、過去を捨てるようにこの門を叩いた。そこで彼女を待っていたのは、漆黒の髪を纏い、学園の頂点に君臨する生徒会長・神代璃宵（かみしろ りよ）。 「今日から私が、あなたの『姉』。…いいわね、私の可愛い雛鳥さん」 伝統の『シスター制度』。そして、寮の支配者である『ハウスキャプテン』。 別れ（巣立ち）までの、わずか一年。 冷たい大理石の床に伸びた二人の影が、一つの「双翼」へと重なり合うとき。 雛鳥たちは、玻璃の檻の向こう側に広がる、本当の空の青さを知る――。