近未来日本は科学者白鐘ユウジ博士により時間エネルギーが誕生した しかし謎の生命体軍団クロノイーターによって 研究所は爆発させられた。 だがしかしこの爆発で主人公、時雨レンの運命が変わる。彼は記憶を一部失ったが新たに機刻装甲クロスブレイカーの変身能力を手に入れたが彼がクロスブレイカーになると彼は粒子化してしまう。彼の運命は。