はるか昔、神のイタズラにより人々に変化をもたらした。それは能力であったり、人間とは程遠い姿であったり。そんな能力が当たり前となってしまった世界での世界最高峰「七海高等学園」へ入学することとなった蒼空（そら）。そこで出会った遠愛（とあ）という少女と、"とある運命"を背負った蒼空が過酷な学園生活を送ることとなる。蒼空と──に課せられた"とある運命"とは？──