在动画版故事结束的2年后，作为保护地球对抗外星威胁者的GGG对犯罪组织バイオネット进行追查，但追查的同时GGG卷入了Q零件（Qパーツ）的秘密，此时为了重建三重连太阳系而生的索路11游星主抢走Q零件并成为GGG新的敌人，为了阻止游星主的意图，GGG前往理应已毁灭的三重连太阳系，并在当地进行最后的决战……