2086年。陸上における戦争は銃や戦車による銃撃戦や、生身の人間同士が戦う白兵戦に代わり、人型の機動兵器｢機兵｣による格闘戦が主力となり始めた時代。戦場の覇権を握る機兵を造る計画｢機神プロジェクト｣により生み出された｢機神弐号｣コードネーム｢β｣は、プログラムの欠陥により自我が目覚め、脱走する。その後傭兵部隊｢GEARS｣に拾われたβは、機神プロジェクトの真実を聞かされ、自分と同じ機神を破壊する事を決意する…。