二十一末、北海道に超巨大宇宙船が着陸する。ブラックノヴァと名付けられた宇宙船からは、宇宙人は現れなかったが、人類の科学を超えた様々なテクノロジーを提供する。やがて、ブラックノヴァを廻る争いに巻き込まれ、東京は、大規模核攻撃を受けて壊滅する。そして舞台は二十三世紀末。長い荒廃ののちにニュー東京として復興しつつある東京。その世界では、ブラックノヴァが異次元空間に構築した、全地球を網羅するトータルサイバーバースというシステムによって、フィジカルサイバーとよばれる超戦士が存在した。高校生のハネとサロメは、成り行きからフィジカルサイバーとなって、戦いの日々に身を置く事となる。