学園に通う青年ジョニーは、遺跡の調査に没頭する中で、謎の“剣”を手にする。 一方、過酷な境遇に置かれた少女フェリスは、ある存在と出会い、強大な力を手に入れてしまう。 やがて空に現れた異形の“ドラゴン”が世界を一変させ、平穏だった日常は一瞬で崩壊する。 すべてを失ったジョニーは、残された力とともに、破壊の元凶を追う旅へと踏み出す。