日本、世界の中でも上位に位置するくらい治安の良さを誇るこの国。しかし、この国が平和なのは、"表"のみのはなしだ。 裏世界の日本は様々な凶悪犯罪が怒っている、工作員による拉致、暗殺、裏組織など秘密裏に行われているのだ。 18歳の少女、衣笠龍鳳はかつて国際テロ組織Downfall軍により過去に人体実験が行われ、後遺症が残るほど非道を受けた。 それに対抗するべく極秘組織のひとつ、夜堕鴉暗殺高等学校2年へ入学したのだった。