ニ年二組のクラスで、数人の生徒が人を色で例えはじめた。 人気者は黄色、頭が良い人は青だと例えられ、だいたいの女の子はピンクや赤や橙に例えられた。 しかしそんな中、たまたま学校にきた不登校の沢谷純野は、無個性だといわれて『無色』と例えられてしまう。 その後『黒』と例えられていた黒野夏深と、放課後に一緒に下校をすることになる。 放課後、下校途中に黒野は言った。 「色、染めてあげようか？」 それから、二人の関係は進展していき、ある時、無色は黒野の『黒』と呼ばれることになった理由となった悩みを知ることになる……。