20XX年。世界にダンジョンが出現してから50年。 人類はダンジョンを管理し、そこに眠る希少鉱石の採取とそこから這い出てくる獣の掃討を「神の奇跡」と呼ばれる特殊能力に目覚めた者たちに一任した。 一色隼人はその能力を獲得できる資格である「ダンジョン特別探索者資格」を取得するため、幼馴染の東雲柚希と、試験で出会った夫馬京弥と共に最終試験に挑もうとしていた。 試験は順調に進んでいたのだが、ある異変が起きて事態は想定外の展開を迎える。