近未来――人間の魂は「コード」として存在することが発見された世界。魂を書き換える違法能力者“バグ使い”が暴れる街で、スラム育ちの少年・神代ユウはある事件をきっかけに触れた魂を書き換える禁断の能力「オーバーライド」に目覚める。世界で唯一の異常能力を持つ少年を巡り、組織と能力者たちの戦いが始まる。これは世界の魂を書き換える少年の物語。