アストラ連邦とレギウス帝国の最初の戦争から15年後。 両国の緊張は高まっていた。 アストラ連邦空軍第12航空団基地。 そこに敵編隊が攻めてくる。 そこの基地にたまたま残っていた飛行隊、ゴースト隊が迎撃に向かう。 その基地の整備兵、スローン・オルブライトは、整備していた機体を使って勝手に出撃。 戦闘に参加する。 しかし、現れた謎の試験機。 スローンは追い詰められる。 そこに現れたのは── 15年前の戦争で、一度も墜ちずに80機を撃墜した英雄。 コールサイン、GHOSTだった。