かつて、人間の少女と愛し合い、魔術で子を成して姿を消した魔女の始祖バーバヤーガが存在した。 それから時が流れ現代では、人間が異能を持つ化け物「魔女」に変貌する奇病「魔女侵食」が蔓延していた。 魔女は桁外れの身体能力と固有の魔法を持ち、人を喰らって力を増し、死ねば一輪の花になる。 魔女は人の日常に潜み、事件を起こす世界が20年以上続いていた。 高校二年の赤桐トウマは、いじめを受けながらも片親の母を大切に思う心優しい少年だった。しかしある日、最愛の母が謎の魔女に襲われ、植物と一体化して昏睡状態に陥ってしまう。 母を救うため、犯人の魔女を探す決意をしたトウマ。 そして、彼の中に眠っていた未知なる“力”が覚醒しようとしていた――。