何かがおかしい世界に住む少年・真夜。幼少期の記憶と経験が失われているのにも関わらず、衰えることのない神への怒りを理由も分からず抱き続けている真彼は卒業すれば何でも願いが叶うとされる学園で自身の秘密を探る。 彼の記憶の秘密が紐解かれ、神が創造した世界のからくりが解かれ、最後に見るのは…