夏休み直前の玻璃野高校。 期末試験も終わり、生徒たちは解放感に浸っていた。 探偵クラブの七海紬と月城怜も、平和な日常を送るはずだった。 だが、新入部員・桜井陽菜を迎えた探偵クラブの周りで、奇妙な事件が起こり始める。 試験問題の漏洩、部室からの盗難、深夜の旧校舎で目撃される謎の人影―― 些細なトラブルに見えた出来事は、やがて学園全体を揺るがす大事件へと発展する。