新型ロボット兵器のパイロット【イレヴン】は、感情に乏しい改造人間だった。 だが、使い捨てられたところを少女【アンリ】に保護されたときからその人生は変わり始める。 外の世界に触れて行くうちに少しずつ人の心を理解して…… また、それはイレヴンが自身の機体の使い道を定める旅でもあった。