島木卓馬は極小小学校の五年生。ある日卓馬は親友の柿崎宗太と一緒に突然ミクロ化してしまい異世界に迷い込んだ。異世界には卓馬のガールフレンドの阿部マリアや友人の相田育夫、福間翔一たちがすでに迷い込んでいて、五人は異世界を彷徨い歩くことになった。