202X年、夜間演習を終えて市ヶ谷駐屯地へ向かっていた新海誠司３等陸尉率いる１個小隊は、突如として時空の歪みに飲み込まれる。 気がついたら彼らが立っていたのは1912年（大正元年）の東京・九段坂だった。そこは、新海たちが知る優雅な「大正浪漫」の世界ではない。 蒸気機関と肉体が融合した異形の怪異『鬼神（きしん）』が跋扈(ばっこ）し 人知れず人類を喰らい尽くそうとする絶望の時代だった。 絶体絶命の帝国陸軍名将・大河内厳を最新兵器で救った新海たちは、靖国神社に拠点に据え帝都防衛の任に就くことを決意する。