『工学魔法』の大家として名を馳せていた祖父が失踪して以来、アレンは人生のエアポケットとでも言うべき時間を過ごしていた。そんなある日、彼の前にマキナと名乗る女の子が現れる。彼女は自分が古代文明時代の『機械人形』であり、自分を修理してほしいと彼に助けを乞う。アレンは迷ったものの、その申し出を引き受けることにした。 マキナとの出会いはアレンの止まっていた時計を再び動かし、彼を新しい世界へとうざなうこととなる。