連合軍の英雄カインは、ヴォルフ元帥が推し進める「人類の夜明け」の非道を知り、実験体の少女アイリスを連れて軍を離反する。 脱出の際、自らの左腕を犠牲にしてアイリスを救ったカインは、未完成の巨大宇宙戦艦『エーテル・ガイスト』を強奪。艦に宿るAIアドミラルと契約を交わし、宇宙の闇へと消えた。