幼い日の記憶を喪ってしまった少年・勝木成人。 記憶と同時に両親をも失った彼は、亡き父の遺品『錬金術のメモ帳』を頼りに、かつて家族で暮らした街へ戻る。 静かに始まった新生活だったが、そこで彼が出会ったのは路地裏に潜む異形と、月明かりの下に佇む一人の少女。 彼はその出会いときっかけに錬金術の混沌めいた世界に足を踏み入れることとなる。