人類が地上へ閉じ込められて、一世紀が過ぎていた。 時に機構歴〇一二五年。 世界は二大国家群──二匹のリヴァイアサンによって分断されていた。 宇宙も、空も失った人類はメタルデウス──MDによって、憎み合う。 MDに乗り、選択と失敗を重ねながら歩み出す少年の名はライゼン。 運命のイカヅチが鳴り止まない。