ある満月の夜、眠りにつこうとしていた美月睡蓮は不思議な声を聞く。その声に導かれ睡蓮がやって来たのは、幼馴染みの社家である稲荷大社だった。そこで出会った一匹の八咫烏・太秦に陽の巫女であることを告げられた睡蓮は、幼馴染みの昂と一緒にヤマトとハヤトの思想が二分する、使婢に護られた世界・倭に顕現した。
元の世界へと戻る条件でもある、太陽の化身の大御神を再び降臨させるため、怨霊の浄化をすることになった睡蓮だが…