現代日本。そこは、魔法犯罪とその存在を徹底的に隠蔽する国家機関「魔法省」が、日常の裏側で血を流し続ける世界。 平凡な高校生・堂 董平（どう くんぺい）は、新宿で起きた「ビル爆発」の真相を野次馬根性で追った結果、魔法犯罪の現場へと迷い込んでしまう。 そこでは、魔法省の外局「特異事象対策室（S.E.D.A.）」が、テロリストとの死闘を繰り広げていた。