この世界には、人の“感情”から生まれる怪異――**夜獣（やじゅう）**が存在する。 それらを鎮める力を持つのは、「記憶」を糸のように操る能力者たち。 平凡な中学生・朝霧ユウは、ある夜の事故をきっかけに、自分が“夜を編む力”を持つことを知る。 彼は、同じ力を持つ者たちが集まる秘密組織に関わり、 やがて世界の真実と「夜が生まれる理由」に迫っていく――。