3011年地球は謎の巨大生命体ヴィレンとの戦いが続いていた。そんな中、唯一ゲームが強いのが取り柄の普通の高校生『荒神雷太』は平凡な日々を送っていた。ある日､幼なじみである『佐野美夏』が隠し事をしていることに気づく。そして、突然のヴィレンの襲撃。美夏は『最強機神 武雷我』を召喚し。秘密を知った雷太とともに武雷我に乗り込み、ヴィレンと戦っていくことに…。 武雷我に隠された秘密。 そして地球を襲うヴィレンとはなんなのか？。