かつて数学部には天才と呼ばれた学生がいた。しかし、彼は部室で謎の死を遂げたのだった。
数年後、学校で名探偵とあだ名される九条廉人がこの謎に挑むことに。
だが、事件を追っていると、当時の関係者が行方不明になってしまい……