「お互いに『好きだ』って言えるのは、たったの３％なんだって」 中学時代の三年間を男子校で過ごした西田伯は、親友の輝明と共に共学の高校へ入学する。 高校に入学して新たな青春が始まり出したが各々の想いが入れ紛う中それぞれが「３％」の数字を追いかける。 静かで残酷な三年間が始まる。