核戦争から250年後、世界は放射性魔素粒子に覆われた「霧圏」と、帝国が支配する「人界」に分かれていた。魔界公国（旧四国）は、帝国の強制移住政策と魔鉱資源の搾取に反発し、独立戦争を続けている。 辺境集落ムカイハラは、帝国の極秘魔導書研究施設を隠す偽装農業村だった。主人公・ソウマ・ツキヤマは、研究者である父リュウジから「守護魔導書」を継ぎ、幼なじみのユナと共に静かな日々を送っていた。 しかし、公国軍エース・レイ・チギリ率いる奇襲により村は壊滅。父を失ったソウマは守護魔導書を起動させ、銀色の魔導騎兵「シロガラス」に変身。圧倒的な力で敵を退けるが、初めての殺人に深い罪悪感を抱く。 帝国の魔導輸送艦テツカガミに救われたソウマは、クルーたちと共に公国軍の補給線を次々と断ち、キリハシラ、ハガネハラ、カゲトリデ、メッカイサイと激戦を繰り広げる。公国軍の名だたるエースたち――シユウ、キオウ、サラ、レイ――を倒し、ついに超兵器シャクゴクを破壊。要塞メッカイサイは崩壊し、クロノ家は壊滅する。 新公王シキ・クロノは降伏を宣言し、魔鉱の共同管理と強制労働廃止を条件に和平が成立。ソウマは公国に残り、守護魔導書で土壌浄化を進め、ムカイハラの畑を甦らせる道を選ぶ。 しかし五年後、帝国首都フッコクに魔素核ミサイルの雨が降り注ぐ。裏で糸を引いていたのはシキと、テツカガミに潜入していたスパイ・ミコトだった。ソウマはシキの側に立ち、帝国を壊滅させる側に回っていた。