5年間家に戻らなかった父にある日突然呼び出された主人公・南雲青太（なぐもせいた）。父・群青は「お前にはこれから、M・E・Sの装着適合者として人類の敵・リフレインを殲滅してもらう」とだけ彼に言い放つ。 父の態度に憤慨する青太だったが、満身創痍の適合者の少女・初月透子（はつづきとうこ）に代わり、罪なき人々を守るべく戦うことを決意するのだった・・・。 自分の力のルーツを、敵の目的を、そして父の5年間を、出会いや死闘の果てに少年は知る─────。