神様の世界に転生したユイと、その恋人だと言うレン。 しかし、ユイはなぜか神様になることができなかった。 ユイが任された仕事は、「神様の図書館の司書」。この図書館の本はすべて、世界を創る神様たちの罪が書かれているものだった。そのせいか、神様たちの図書館利用マナーはとんでもなく悪い。本を愛するユイは、神様たちへの怒りを堪えながら、司書の仕事に励んでいく。 そんな日々の中で、ユイは次第に疑問を抱き始める。 自分は本当に転生しているのか。 すべてを教えてくれたはずのレンは、何かを隠しているのではないか。 『ユイ』という存在は、どの世界から来た者なのか。 神になれなかった司書は、神界の図書館で、転生の理由と自身の存在の意味を探していく。