千年の恋が、今、時を超えて甦る――

現代の女子高生・綾瀬紫織は、ある日図書室で不思議な古書『平安異聞記』を手に取る。ページをめくった瞬間、彼女は紅葉散る平安京へとタイムスリップしてしまう。十二単に身を包み「西より来たりし姫」として生きることを余儀なくされた紫織は、左大臣家に仕える若き将・彰紋と出会う。

雅やかながらも陰謀渦巻く宮中で、二人は次第に心を通わせていく。しかし、都には「物の怪」と呼ばれる闇の存在が頻出し、人々を脅かし始める。紫織こそが異界との境界を弱める「扉」であり、物の怪たちが彼女を「皇」として狙っていることを知った彰紋は、彼女を守ることを誓う。

やがて深まる愛の中で、紫織は決意する――愛する都と人を守るため、彰紋と共に異界へ赴き、闇の根源と戦うことを。しかし異界での壮絶な戦いの果て、二人は絶体絶命の危機に陥る。紫織は現代へ強制送還され、彰紋は異界に取り残されてしまう。

現代に戻った紫織は、平安時代での記憶を失い、何気ない日常を送っていた。ところが古文の授業で『平安異聞記』を読み、その主人公が自分と彰紋であり、自分が彼を見捨てて帰ってきたことを思い出す。罪悪感に苛まれ泣く放課後、一人の男子高校生が彼女に声をかける。ふと見上げたその顔は、千年の時を超えて、平安時代に愛した彰紋その人だった。

なぜ彼は現代に？　記憶は？　異界の闇は完全に消えたのか？　千年の時を隔てて再会した二人は、過去の因縁と向き合いながら、現代での新たな関係を築き始める。しかし、紫織の「影」はまだ異界に残り、完全なる融合を求めて二人を脅かし続ける――。