主人公・凛は幼い頃、ある夜に母親が誰かと抱擁を交わしている所をこっそり見てしまう…その誰かの正体はあの最強の人型ポケモンで……！ 果たして、そのポケモンが彼女の父親なのだろうか？ 父の正体とは、一体……？ その真相を確かめるために、凛は婚約者の零斗と共に、友達であるフーパの力を借りて、父と母が出逢った過去の時代へと向かう事を決意する！！ 過去と現代、時空を超えて紡がれるポケモンと人間の絆、そして、ひとつの家族の絆の物語がここに…！