滅びゆく人類を救うため、完璧な管理者「mother」によって運営される方舟・NOAH。 そこでは、優秀な「レイ（光）」が世界を導き、純真な「シード（種）」が未来の苗床となる。 完璧なエリートである少年・ルカは、平凡な少女・ニナと出会い、禁じられた「過去の遺物」——ある人物の日記を読み解いていく。 一人の少女の「青い海が見たい」という願いを守るため、少年は母を狂わせ、世界を美しい地獄へと変えていく。これは、嘘つきな聖者と名もなき罪の子が、出口のない方舟を壊すまでの物語。