大学図書館司書・文月透は、謎の本に触れ異世界の巨大図書館〈アーカイヴ〉へ落下する。本が消えると知識が消え、世界が崩壊する。 透は司書の知識だけを武器に、失われた魔導書を追う司書代理となった。