宇宙世紀0093年、ナナイ・ミゲルは赤い彗星シャア・アズナブルと共に最後の戦いに挑む。シャアとアムロ・レイ、両者の激しい戦闘の最中、サイコ・フレームが光り、ナナイは過去に飛ばされてしまう――。