日本で生きていた記憶をそのまま持ったまま、異世界で目を覚ました 稲森 新（あらた）。 だが、自分がなぜここにいるのか、この世界が何なのか、一切知らされないまま物語は始まる。 人族の皇帝 ネクサス の侵攻が進む中、新は、各地で出会う人々に導かれながら旅を続け、滅びゆく世界の姿と、この世界が抱える“歪み”に触れていく。 一方、ネクサスは「聖樹が世界を縛っている」と確信し、秩序を作り直すために戦い続ける。 やがて新とネクサスの道は交わり、二人の選択が世界のあり方そのものを変えていく。