他人よりちょっと少し背が小さくて、高校デビューに失敗しただけの普通の男子高校生、小鳥遊ショウタ。 そんなショウタが愛してやまないオンラインゲーム『LABO』に、数年ぶりとなる待望の大型アップデートがやって来た！ しかしそのアプデ当日、ショウタは不幸にも自宅の階段でうっかりと足を滑らせて転落、そのまま意識を失ってしまう。 そして次に目を覚ますとそこは、どこか見覚えのある世界で──。